()六月間，何騰蛟兵敗，總算有了跑到奉天府來見駕的名目了。【全文字閱讀】此時的時局，遠非幾個月前可比了，劉承胤見何騰蛟兵敗，對永曆朝廷也開始驕橫跋扈起來，竟要求改任何騰蛟爲戶部尚書專管糧餉，解除他督師的職務。劉承胤到現在名義上也還是何騰蛟的部下，何騰蛟對劉承胤的威福自cāo當然非常不滿了。
永曆帝拒絕了劉承胤的無禮要求，他仍然不死心，居然面見何騰蛟索取督師敕印。大言不慚地說：“今督師非我莫人能爲也！”
何騰蛟很是油滑，很痛快地答應了下來，但推說敕印不能私授，須皇帝的旨意纔可以辦理交接手續。劉承胤怎麼能不心知肚明何騰蛟的本意，也不再逼迫，開始安排在何騰蛟辭朝後半路襲擊之。
何騰蛟打不過清軍，還鬥不過一介武夫嗎？他推病不上朝，揣摩聖上也有了退回廣西的意思，先是迎合朝臣們回駕桂林的呼聲，上疏道：“使武岡果有山川之險，兵甲之雄，慄米之富？然未有處一隅而能圖四海之大者，況堂堂天子呼？今rì移駕大事，聽皇上自擇自行，敢有議迎留者，應當衆戳之！”
爭取了朝廷的好感和信任，覆上疏，請將趙印選、胡一青的滇軍撥給自己做督師親軍，得到永曆帝的批準。於是，何騰蛟帶着這三千jīng銳駐紮在武岡城外，幾天後，突然連夜逃跑了。
第二天，劉承胤得到消息，還沒來得及派兵追趕，就得到張先壁帶着數萬人馬敗退回來的消息。又聽說何騰蛟也到了張先壁的營中，復打出督師的旗號，向武岡城殺來。劉承胤慌了，迫使永曆帝下詔制止何騰蛟進城。何騰蛟、張先壁大怒，指責劉承胤劫駕，劉承胤則反斥何騰蛟爲犯上。
此時，孔有德大軍已在百裏之外的消息傳來，劉承胤害怕了，趁夜裹着永曆帝和滿朝文武連夜離開武岡，逃到了廣西的全州府。何騰蛟等也沒有時間追擊了，進入武岡城就着手準備迎敵了。
九月，武岡、永州治所零陵相繼失守，劉承胤派部將陳有龍進入湖南的永州地區迎敵。兩軍在鬥溪鋪大戰一場，參將蔣虎、孫華、張承明、張大勝、聶鳴鶴俱戰死，陳有龍領着不到百人跑了回來。劉承胤的心思開始活動了，竟派陳有龍復去請降。
孔有德見到剛纔還浴血奮戰的陳有龍，怎麼看都覺得其中有詐，還說什麼要獻上永曆帝做見面禮，天下竟有這等好事？好在孔有德只是拒絕，沒有當場殺了陳有龍。
劉承胤有些急眼了，一面下令全州城門嚴加看管，防止永曆朝廷出逃；一面自己剃頭留髮，親自前往孔有德的大營接洽。
應該承認，朱由榔在逃命這件事上經驗豐富，確有非凡的天賦。他知道現在的岷王是劉承胤的女婿，趁着劉承胤不在，兄弟劉承永巡城的時機，由岷王帶着，親自跑到劉承胤的府邸來見劉母。
面對跪在下面，一把鼻涕一把淚、沒有一絲皇帝尊嚴的朱由榔，劉母終於被說動了。她親自帶着永曆帝來到南門，以死相逼，喝令劉承永打開城門，放永曆帝出城。
在總兵官侯xìng和馬吉翔的保護下，永曆帝帶着太子逃了出來。見永曆帝跑了，劉承永也就不再爲難滿朝的文武了，得到消息的大臣們保着朱由榔的家小也逃出全州，跑回了桂林。
永曆帝見到留守桂林的瞿式耜，很是惱怒，竟沒有一絲的反省，依然不聽他的苦勸，等着家小到了桂林，就一溜煙地跑到了梧州。
何騰蛟經營湖南一年多，兵員多到號稱十三鎮，又提拔了一批自己的親信出任總兵、知府等職，到頭來，不僅沒有收復湖北寸土，反而在四萬清軍的南下時全盤瓦解。據多爾袞收到孔有德的報捷奏章：除去郝搖旗（郝進忠）在桂陽，張先壁在沅州、武岡的抵抗外，南明將領非降即逃。投降的不僅有大明安國公劉承胤，封爲伯爵的王進才、劉承永、董英、高清浩、鄭其英，還有總兵官四十七員，以下官員二千餘人，馬步兵十萬有奇。
全州投降以後，何騰蛟跑到了興安，立即以督師的名義發出檄文，命令各路將領奔赴興安堵截由全州南下桂林的清軍。郝永忠、李赤心、高必正、盧鼎、張先壁、趙印選、胡一青先後雲集到了興安。
孔有德的大軍到達了興安之後，一面命手下猛攻，一面派出六百騎兵、三千步兵的部隊，走山間的小路，繞到興安背後，直接進攻桂林。瞿式耜接到jǐng報時，明磊的大軍還在梧州，桂林只有幾千新軍。
得知清軍攻來，同瞿式耜一同留守桂林的侍郎朱盛濃、巡按御使辜言泰、廣西佈政使楊垂運等竟聲稱要嚮明磊求援而集體未戰先逃了。於是，桂林城中驚慌一片，大小官吏、士卒、百姓紛紛逃離。等城中平息下來，瞿式耜再看看，身邊只有焦鏈所率的親兵衛隊300人了。
此時，瞿式耜反倒不驚慌了，命家人搜盡家藏，甚至將夫人邵氏的首飾也獻出來，分發給這三百士卒，以振士氣。但桂林城畢竟太大了，別說城牆了，就是分兵把守幾處城門，這點兵力也象撒下芝麻般，沒有什麼作用的。所以，焦鏈只是將這三百人聚在城中。
清軍數百騎很輕易地突入文昌門，迅速登上城樓。瞿式耜聞訊，一路飛跑，疾呼焦鏈迎戰。
焦鏈驍勇善戰，來不及披甲，乾脆將上衣也脫了，**着上身，將大刀背到背後，飛身上馬，抓起一把硬弓就衝了出去。到了城樓下，焦鏈挽弓就shè，一連shè倒七八個清軍。清軍見城下只有一個光着上身、滿臉虯鬚的黑大漢，於是招呼一聲就下城圍了上來。焦鏈也不驚慌，邊跑邊shè，見追近了，一聲大喝，甩手丟了硬弓，拔出大刀，回馬高速衝進人羣，一直從對頭殺到隊尾。一個衝刺，就斬殺了數名清騎。
焦鏈的親兵事先得了焦鏈的將令，並沒有急着衝來殺入戰團，而是趁着清軍遠離城門的功夫，合力將城門關閉了。
清軍主將是個新降的姓楚的漢人，知道桂林城中的是瞿式耜，粵軍數萬人必要來援。原本急急忙忙趕路的時候還沒功夫多想，但一旦到了城外，看見桂林城頭空空擋擋，而自己這幾千人又在十萬計的明軍大包圍圈之中，“是啊！誰叫自己是新來的，所以這等有來無回的活計都是自己的了！”有了這樣的覺悟，楚將軍越發小心了，既然不知道桂林城中的明軍到底有多少，當然怕有埋伏了，但又怕中了空城計。
於是，這纔派了兩名佐領帶着全部六百騎兵前來試探。主將如此，當兵的也受到了傳染。這些清騎闖入桂林城，也是戰戰兢兢的，所以兩個佐領一看城門被數百明軍關閉，還以爲城頭也埋伏了千軍萬馬，也無心圍攻焦鏈了，更不敢反身復奪城門，竟象沒頭的蒼蠅似的向城中衝去。於是，焦鏈很輕鬆地帶着手下象趕鴨子似的追得這些清騎在城中亂竄。
古代的冷兵器時代，交戰全憑士氣，沒有士氣的清騎的下場可以預見。只用了半個時辰，這六百清騎就被焦鏈的三百親兵絞殺殆盡。此時，瞿式耜又給焦鏈出了個主意，換上清軍的衣服、馬匹、兵器，趁着黃昏偷襲城外清軍的大營。
此時，已經夕陽西下了，清軍正在喫晚飯。放哨的哨兵見數百清騎從桂林城中衝了出來，很是詫異，細心的數了數。真是的，去時有六百人，也沒聽到什麼打鬥的聲音，回來怎麼就不足三百人了？折了一半的人手，看他們怎麼向楚將軍交待。
焦鏈的人馬很輕鬆的逼近清軍大寨，直到大門前，也沒有人搭理他們。待到進了轅門，焦鏈一聲大喝 “殺！”百人回應，並跟着直接衝了進去，無不以一當百。頓時，清營喊殺聲震天，人砍馬踏，清軍損傷不下千人。那位過於謹慎的楚將軍帶着手下向北遁去。焦鏈殺得興起，哪裏肯放走他們，竟也放開手腳竟一氣追出了四十裏，最後竟收攏了二千多降兵。
楚將軍帶着幾百人跑回興安，被孔有德當即削首示衆了。明軍由此取得了第一次桂林保衛戰的勝利，算是初戰告捷！